В процессах вторичной очистки сточных вод используются микроорганизмы для биологического удаления загрязняющих веществ из сточных вод. Вторичные биологические процессы могут быть аэробными или анаэробными, при этом в каждом процессе используется свой тип бактериального сообщества.