सब्सट्रेट एक एंजाइमद्वारे कार्य केलेले रेणू असते. सब्सट्रेट एंझाइमच्या सक्रिय साइटमध्ये लोड केले जाते किंवा अशी जागा ज्यामुळे दोन रेणूंमध्ये कमकुवत बंध तयार होऊ शकतात.